Dades generals |
Nom de l'assignatura: Estadística per a les Biociències
Codi de l'assignatura: 361237
Curs acadèmic: 2021-2022
Coordinació: Esteban Vegas Lozano
Departament: Facultat d'Economia i Empresa
crèdits: 6
Programa únic: S
Hores estimades de dedicació |
Hores totals 150 |
Activitats presencials i/o no presencials |
60 |
- Teoricopràctica |
Presencial i no presencial |
36 |
|||
- Pràctiques de problemes |
Presencial i no presencial |
16 |
|||
- Pràctiques d'ordinadors |
Presencial i no presencial |
8 |
Treball tutelat/dirigit |
40 |
Aprenentatge autònom |
50 |
Recomanacions |
És convenient que l’estudiant disposi de les competències i habilitats que s’espera que tingui al final del segon curs del grau d’Estadística. |
Competències que es desenvolupen |
- |
Compromís ètic (capacitat crítica i autocrítica / capacitat de mostrar actituds coherents amb les concepcions ètiques i deontològiques). |
- |
Treball en equip (capacitat de col·laborar amb els altres i de contribuir a un projecte comú / capacitat de col·laborar en equips interdisciplinaris i en equips multiculturals). |
- |
Capacitat de reunir i d'interpretar dades rellevants que permetin d'emetre informes raonats i obtenir conclusions en problemes científics o d'altres àmbits que requereixin eines matemàtiques. |
- |
Saber aplicar els coneixements adquirits i la capacitat d'anàlisi a la resolució de problemes en contextos acadèmics i professionals. |
- |
Compromís social i orientació cap a la sostenibilitat. |
- |
Capacitat per usar els mètodes estadístics com a fonament de la presa de decisions en organitzacions de diferents àmbits professionals. |
- |
Conèixer algunes de les aplicacions de la matemàtica a altres branques de la ciència i la tecnologia. |
- |
Capacitat de detectar i formular les necessitats pel que fa a l'anàlisi d'informació en les diferents institucions i situacions, i d'identificar les fonts de variabilitat i incertesa. |
- |
Capacitat de proposar, modelitzar, analitzar, validar i interpretar situacions i problemes reals, adaptant els models teòrics a les necessitats específiques de les diferents àrees d'aplicació. |
Objectius d'aprenentatge |
Referits a coneixements [A] Identificar i utilitzar correctament la terminologia bàsica dels estudis de biociències: biologia, biomedicina i bioinformàtica, ecologia, genètica i biodiversitat. |
Blocs temàtics |
1. Estadística i bioinformàtica
1.1. Biomolècules, biomedicina i malalties
— Les molècules de la vida: ADN i proteïnes, dogma central, expressió gènica
— Biomedicina i bases moleculars d’algunes malalties (el càncer o malalties immunes)
— Exemples i estudi d’un cas: medicina personalitzada
1.2. Introducció a algunes eines de la biotecnologia
— La bioinformàtica
— Anàlisi de l’expressió gènica: microarrays (matrius)
— Altres tècniques d’obtenció de dades d’alt rendiment: seqüenciació i proteòmica
— Exemples i estudi de casos: eines bioinformàtiques per a l’explotació de bases de dades biològiques
1.3. Anàlisi de dades d’alt rendiment: anàlisi de matrius d’expressió gènica
— Preprocessament i control de qualitat
— Normalització
— Selecció de gens diferencialment expressats
— Classificació i predicció amb dades d’alt rendiment
— Exemples i estudi d’un cas: selecció de gens associats amb càncer de mama
2. Estadística i biodiversitat
2.1. Introducció a la diversitat
— Mesures estadístiques de diversitat. L’índex de Simpson i l’índex de Shannon
2.2. Biodiversitat en ecologia
— Conceptes bàsics d’ecologia: espècie, ecosistema, nínxol, hàbitat, riquesa d’espècies, índex de diversitat, abundància, etc.
— Gràfics per a la representació de dades de diversitat, la distribució de les freqüències i el diagrama de rang-abundància
— Models estadístics per a la diversitat d’espècies: log-sèrie de Fisher, el model log-normal, la sèrie geomètrica, el model del bastó trencat de McArthur
— Les mesures de diversitat d’espècies: la riquesa d’espècies, l’índex de Simpson, l’índex de Shannon
— Estimació de la riquesa d’espècies: la corba d’acumulació d’espècies, estimadors paramètrics i no paramètrics de la riquesa
— Incertesa en l’estimació de la diversitat. El jackknife
— Exemples
2.3. Biodiversitat en genètica
— Conceptes bàsics de genètica: cromosomes, locus, gens i al·lels, genotips, haplotips, marcadors dominants, codominants i recessius, microsatèl·lits i SNP, polimorfismes, freqüències al·lèliques i genotípiques, heterozigositat observada i esperada, equilibri genètic (Hardy-Weinberg i desequilibri de lligament). Estadístics per mesurar desequilibri
— Les mesures de la diversitat gènica. Percentatge de locus polimòrfics, nombre efectiu d’al·lels, riquesa d’al·lels, heterozigositat esperada. L’índex de Simpson i l’índex de Shannon
— Anàlisi de la diversitat gènica entre i dins de poblacions, els índexs de Nei i els estadístics F de Wright
— Exemples
Metodologia i activitats formatives |
L’assignatura es basa en una combinació d’exposició, pràctica i cerca d’informació, i discussions. Al començament de cada tema el professorat fa una presentació inicial i ofereix documentació perquè l’alumnat elabori alguns conceptes. |
Avaluació acreditativa dels aprenentatges |
Avaluació continuada
Avaluació única Els estudiants que desitgin renunciar a l’avaluació continuada i acollir-se a l’avaluació única hauran de fer-ho abans de la data que s’estableixi, que serà feta pública amb antelació suficient
|
Fonts d'informació bàsica |
Consulteu la disponibilitat a CERCABIB
Llibre
COHEN, William W. A computer Scientist’s guide to cell biology: a travelogue from a stranger in a strange land. Pittsburgh: Springer, 2007
Recomanat per al bloc 1. |
GASTON, Kevin J. et al. Biodiversity: an introduction. 2nd ed. Oxford: Blackwell Science, 2004
Recomanat per al bloc 2. |
GIBSON, Greg et al. A primer of genome science. 3rd ed. Sunderland, Mass.: Sinauer Associates, 2009
Recomanat per al bloc 1. |
KJRIJNEN, H. Applied Statistics for Bioinformatics (pdf)
Recomanat per al bloc 1. |
LOWE, Andrew et al. Ecological genetics, design, analysis and application. Malden (Mass.): Blackwell, 2004
Recomanat per al bloc 2. |
PEVSNER, Jonathan. Bioinformatics and Functional Genomics. Hoboken, N.J.: Wiley-Blackwell, 2009
Recomanat per al bloc 1. |
MAGURRAN, Anne E. Measuring biological diversity. Malden: Blackwell, 2004
Recomanat per al bloc 2. |
Rafael A Irizarry and Michael I. Love. Data Analysis for the Life Sciences with R. Chapman and Hall/CRC, 2016