Pla docent de l'assignatura

 

 

Tanca imatge de maquetació

 

Imprimeix

 

Dades generals

 

Nom de l'assignatura: Bioinformàtica i Modelització Molecular

Codi de l'assignatura: 364934

Curs acadèmic: 2021-2022

Coordinació: Carolina Estarellas Martin

Departament: Departament de Nutrició, Ciències de l'Alimentació i Gastronomia

crèdits: 3

Programa únic: S

 

 

Hores estimades de dedicació

Hores totals 75

 

Activitats presencials i/o no presencials

30

 

-  Teoricopràctica

Presencial

 

30

Aprenentatge autònom

45

 

 

Competències que es desenvolupen

 

   -

Capacitat d'aprenentatge i responsabilitat (capacitat d'anàlisi, de síntesi, de visions globals i d'aplicació dels coneixements a la pràctica / capacitat de prendre decisions i d'adaptació a noves situacions).

   -

Capacitat creativa i emprenedora (capacitat de formular, dissenyar i gestionar projectes / capacitat de cercar i integrar nous coneixements i actituds).

Objectius d'aprenentatge

 

Referits a coneixements

— Adquirir nocions bàsiques sobre l’aplicació de les eines bioinformàtiques en l’extracció i anàlisi de dades i la utilització d’eines de modelització per estudiar la funció de molècules funcionals.

 

— Entendre les diferències entre les diverses tècniques computacionals i la seva idoneïtat en la resolució de problemes concrets en ciències dels aliments.

 

Referits a habilitats, destreses

— Saber establir relacions entre l’estructura química i les interaccions moleculars amb els diversos aspectes funcionals dels aliments.

 

— Comprendre i ser capaç d’aplicar les diferents tècniques computacionals i les eines necessàries per fer-ho.

 

Referits a actituds, valors i normes

— En la mesura que sigui possible s’incorporarà la perspectiva de gènere en el temari de l’assignatura

 

 

Blocs temàtics

 

1. Introducció a la bioinformàtica

1.1. Introducció a la bioinformàtica. Tècniques de modelització molecular. Perspectives i exemples d’aplicació

2. Proteïnes com a dianes funcionals

2.1. Aminoàcids, seqüència i estructura de proteïnes. Resolució d’estructures. Base de dades de proteïnes: Uniprot i Protein Data Bank. Visualització d’estructures tridimensionals: PyMol

2.2. Homologia de seqüència i homologia estructural. Comparació de seqüències: BLAST. Modelatge per homologia: SWISSMODEL. Cas d’estudi: Receptors olfactius

3. Quimioinformàtica: anàlisi de molècules petites

3.1. Quimioinformàtica. Similitud molecular. Bases de dades de molècules: PubChem, ChEMBL, ZINC, Drugbank, NutriChem, i HMDB (Human Metabolome Database). Relacions estructura-activitat: 3D-QSAR. Cas d’estudi: polifenols com antioxidants

4. Interacció lligand-proteïna

4.1. Mecànica molecular. Models i camps de força. Parametrització

4.2. Docking: Obtenció de models d’interacció. Funcions de puntuació. AutoDock. DockThor. Casos d’estudi: Glucosa-6-fosfat-deshidrogenasa i albúmina.

4.3. Dinàmica molecular. Condicions de simulació. AMBER. Cas d’estudi: Proteïnes transportadores de retinol.

 

 

Metodologia i activitats formatives

 

Els estudiants reben formació teòrica i pràctica sobre tècniques de bioinformàtica i modelització molecular, alhora que fan exercicis per posar en pràctica els coneixements adquirits, generalment basats en treballs publicats en revistes de química d’aliments.

Es pretén potenciar el caràcter aplicat amb l’aplicació de diverses eines bioinformàtiques a casos concrets.

Si la situació sanitària ho permet, la docència es durà a terme en el laboratori de bioinformàtica i modelització molecular, on es disposa d’un ordinador per a cada alumne.

Aquesta modalitat de docència presencial es pot veure modificada en funció de la situació sanitària.  Si és el cas, la metodologia docent s’adequarà a eines informàtiques accessibles a través de la xarxa. L’aprenentatge virtual o no presencial es porta a terme amb BB Collaborate, que s’utilitza per explicar els continguts teòrics i dels seminaris aplicats, incloent-hi resolució d’exercicis. Tot el material es diposita al Campus per facilitar el treball personal de l’alumne, tant per a la preparació prèvia de les classes com per al repàs dels conceptes explicats. Aquest material inclou el de les classes teòriques, exemples de resolució d’exercicis i material de suport divers, com ara treballs científics de lliure accés, articles divulgatius o explicacions detallades de certs aspectes de l’assignatura.


Per facilitar un seguiment adient de l’assignatura, es poden fer sessions de tutorització mitjançant correu electrònic amb el professor o bé emprant BB Collaborate, si fos necessari, per a una discussió més detallada. 

En qualsevol modalitat (presencial i no presencial), l’alumne tindrà accés als recursos electrònics als quals pot fer referència el professor en el desenvolupament de la part teòrica de l’assignatura i fer els exercicis durant les hores de classe programades.

El material del curs es presenta parcialment en anglès.

 

 

 

Avaluació acreditativa dels aprenentatges

 

L’avaluació continuada es duu a terme mitjançant la resolució d’exercicis pràctics proposats durant el curs, valorant l’aplicació de les eines bioinformàtiques presentades a l’assignatura. Aquests exercicis pràctics fets durant el curs no són reavaluables.

Reavaluació

La reavaluació no pot emprar-se per incrementar la qualificació. Per poder presentar-se a la reavaluació és necessari haver fet els exercicis proposats durant les classes. La reavaluació consisteix en un exercici d’aplicació de les eines bioinformàtiques descrites al llarg de l’assignatura. La prova s’adaptarà per fer-la de manera presencial o de manera remota, en funció de la situació sanitària.


Per acord del Consell d’Estudis de Ciència i Tecnologia dels Aliments, només poden presentar-se a la reavaluació els alumnes suspesos que hagin obtingut una qualificació mínima de 3 sobre 10 punts.

D’acord amb les circumstàncies personals de l’estudiant, es pot relaxar el requeriment de qualificació mínima per poder-se presentar a les proves de reavaluació.

La nota de la prova de reavaluació representa el 100 % de la qualificació de l’assignatura. 

 

Avaluació única


L’avaluació única consisteix en un exercici d’aplicació de les eines bioinformàtiques descrites al llarg de l’assignatura. La prova s’adaptarà per fer-la de manera presencial o de manera remota, en funció de la situació sanitària.

La data límit per sol·licitar l’avaluació única, segons les resolucions actuals, es mantindrà fins a l’últim dia de docència del semestre.


Reavaluació

La reavaluació no pot emprar-se per incrementar la qualificació. Per poder presentar-se a la reavaluació és necessari haver fet els exercicis proposats durant les classes. La reavaluació consisteix en un exercici d’aplicació de les eines bioinformàtiques descrites al llarg de l’assignatura. La prova s’adaptarà per fer-la de manera presencial o de manera remota, en funció de la situació sanitària.

Per acord del Consell d’Estudis de Ciència i Tecnologia dels Aliments, només poden presentar-se a la reavaluació els alumnes suspesos que hagin obtingut una qualificació mínima de 3 sobre 10 punts.

D’acord amb les circumstàncies personals de l’estudiant, es pot relaxar el requeriment de qualificació mínima per poder-se presentar a les proves de reavaluació.

La nota de la prova de reavaluació representa el 100 % de la qualificació de l’assignatura.